Kastamonu Alaca Mescit Mahallesi’nde bulunan Yakup Ağa Külliyesi’ni Kanuni Sultan Süleyman’ın Kilercibaşısı Yakup Ağa 1547 yılında yaptırmıştır. Yapı topluluğu cami, medrese, sıbyan mektebi, imaret ve misafirhaneden meydana gelmiştir.
Külliyenin camisi, kesme taştan kare planlıdır. Üzeri pandantifler üzerine oturmuş, merkezi bir kubbe ile örtülüdür. Caminin önünde üç kubbeli bir son cemaat yeri bulunmaktadır. Son cemaat yerinden cami içerisine açılan portal dikdörtgen çerçeveli olup, silmelerle sınırlanmış, yuvarlak kemerli ve üzeri stalaktitlidir. Kastamonu camileri arasında gösterişli portali olan bir yapıdır. Portalin üzerinde de kitabesi bulunmaktadır. Caminin kapıları ve pencere kapakları Kastamonu’ya özgü ağaç işi örneklerindendir.
Caminin yanındaki taş kaide üzerinde yuvarlak gövdeli, tek şerefeli minaresi bulunmaktadır.
Caminin kuzeyinde bulunan medrese, kesme taştan yapılmış, avlu etrafında sıralanmış odalardan meydana gelmiştir. Bu plan üslubu Osmanlı mimarisinde belirli bir tipe uymamaktadır. Avluyu çeviren revaklar mermer sütunlu ve yuvarlak kemerlidir. Medrese girişinde üzeri kubbeli dört oda, güneyinde de tonoz örtülü sekiz odası bulunmaktadır.
